مختومقلی از طایفه گوگلان، تیره گرکز و از شاخه قیشق لر بود.
او تحصیلات ابتدایی خود را نزد پدر عالم و عارفش، دولت محمد آزادی، و شخصی به نام «نیاز صالح» آغاز کرد. سپس در مدرسه‌ای به نام «ادریس بابا» در «قزل ایاق» به تحصیل ادامه داد. برای تکمیل تحصیلات عالی، عازم شهرهای بخارا و خیوه شد. در مدرسه «کوکتاش» بخارا با «نوری کاظم بن طاهر» آشنایی یافت که این آشنایی تأثیر عمیقی بر افکار و اندیشه‌های او گذاشت.
وی در میان قبایل مختلف ترکمن‌ها و کشورهای هند، افغانستان، و بیشتر شهرهای ترکستان و خراسان به سیر و سیاحت پرداخت. پس از بازگشت از سفر، در یکی از مدرسه‌های معروف خیوه به نام «شیر غازی خان» به تحصیل مشغول شد و بدین وسیله با ادبیات و علوم زمان خود کاملاً آشنا گردید که نمود آن در اشعار او مشهود است.
مختومقلی به سه زبان فارسی، عربی و ترکی مسلط و اهل قرآن و حدیث بود.

مختومقلی در جوانی، برادرانش «عبدالله» و «محمد صفا» را از دست داد. همزمان با این اتفاقات، از معشوقه خود، «منگلی» (دختر خاله‌اش)، با ناکامی جدا شد. پس از آن با همسر برادر ارشد خود (عبدالله) به نام «آق قیز» ازدواج کرد. از آق قیز صاحب دو فرزند به نام‌های «ملابابک» و «ابراهیم» شد که اولی در هفت سالگی و دومی در دوازده سالگی درگذشتند. مختومقلی ابتدا مادر خود را از دست داد و سپس در سن ۲۷ سالگی پدر بزرگوارش، دولت آزادی، را از دست داد.

در سنین بیست تا سی سالگی، مختومقلی دچار یک تحول درونی و روحانی شد. او از خواب غفلت بیدار گشت و از هوای نفس رهایی یافت و به همین دلیل تخلص «فراغی» را برای خود برگزید. از آن پس به سلوک عرفانی نقشبندیه وارد شد.
 

مضامین اشعار مختومقلی فراغی را مسائل اخلاقی، اجتماعی، دینی، عرفانی و حماسی تشکیل می‌دهد. استاد محمدعلی جمال‌زاده او را «فردوسی ترکمن‌ها» می‌نامد و یوجین برتلس» وی را به «جام جم» تشبیه می‌کند.
از فراغی تنها دیوان اشعار به یادگار مانده است.

خلاقیت ادبی مختومقلی توجه بسیاری از پژوهشگران و دانشمندان را به خود جلب کرده است. در اواخر قرن ۱۸ و اواسط قرن ۱۹ میلادی، برخی از اشعار او به زبان‌های آلمانی و انگلیسی ترجمه و چاپ شد. در آغاز قرن بیستم، به ویژه پس از انقلاب اکتبر روسیه در سال ۱۹۱۷ میلادی، اشعار برگزیده او به تمام زبان‌های جمهوری‌های سابق شوروی، همچنین به زبان‌های فرانسوی، لهستانی و انگلیسی منتشر شد. در سال‌های پس از پیروزی انقلاب اسلامی ایران، تعداد قابل توجهی از آثار منظوم مختومقلی به زبان فارسی ترجمه و نشر گردید.

«آرمین وامبری» که هفتاد سال پس از وفات شاعر از منطقه ترکمن صحرا سفر می‌کرد، نوشته است:
«اشعار مختومقلی دارای جنبه خاصی است؛ به این معنی که اولاً نمونه کاملی از زبان ترکمنی را به دست می‌دهد، ثانیاً در نوشته‌های او یک قاعده و نظم محکمی وجود دارد که در سایر آثار ادبی شرق به ندرت یافت می‌شود. اشعار مختومقلی سبب اتحاد طوایف مختلف ترکمن که با هم سر جنگ داشتند، گردیده است».

سرانجام مختومقلی فراغی در سال ۱۲۰۳ ه‌.ق (برابر با ۱۷۹۰ میلادی) در کنار چشمه «عباساری» در نزدیکی مرز ایران و ترکمنستان جان به جان آفرین تسلیم کرد. او در محلی به نام «آق توقای» در خاک ایران و کنار مرقد مطهر پدر و استادش، «آزادی»، به خاک سپرده شد.
آرامگاه مختومقلی فراغی در استان گلستان، روستای آق توقای واقع شده و یکی از جاذبه‌های گردشگری و زیارتی منطقه محسوب می‌شود.