خلیل فلسفی متولد 1290 در گرگان می باشد پدرش میرزا علی حکیم  و پدر بزرگش میرزا احمد حکیم از اطبای مشهور استرآباد (گرگان ) بودند . خودش نیز تا 15 سالگی علاوه بر تحصیل در مدارس جدید زادگاهش ، نزد هادی استرآبادی صرف  و نحو عربی خواند سپس به تهران رفت و از مدرسه طب فارغ التحصیل شد . فلسفی سپس به گرگان بازگشت و تنها در بیمارستان این شهر (بیمارستان پهلوی و 5 آذر حال حاضر) به عنوان رئیس بخش عفونی مشغول به کار شد .

در انتخابات د وره 14 مجلس شورای ملی که به سبب زمین لرزه شدید در گرگان دیرتر از دیگر حوزه های انتخابیه و در تیر 1323 برگزار شد، به نمایندگی این شهر انتخاب شد و در دوره های 15 و 17 نیز نماینده گرگان بود .

پس از انحلال مجلس شورای ملی در رفراندوم برگزار شده توسط محمد مصدق در سال 1332 و پس ازکودتای 28 مرداد، فلسفی به فرانسه رفت و در رشته امراض ریوی تخصص گرفت و در بازگشت مرکز مبارزه با سل را در تهران بنیان  گذاشت .

پس از چندی به گرگان بازگشت و همراه با محمد تقی فلسفی بیمارستان خصوصی فلسفی را در گرگان تاسیس کرد