ایشان هم زمان با تحصیل به تدریس رسایل و شرح لمعه در حوزه علمیه نجف اشرف پرداخت. همچنین مدت یازده سال در جامعه النجف کتاب‌های سطح عالی حوزه (رسایل، مکاسب و کفایه) را در سه دوره تدریس کرد.وی در سال‌های آخر اقامت در نجف اشرف، در مدرسه آخوند خراسانی، به تدریس خارج اصول اشتغال داشت. او در مدت حضور در نجف اشرف، با امام‌خمینی هم ارتباط داشت و استفتائاتی را که از ایران ارسال می‌شد، به ایشان عرضه می‌کرد.

محمدابراهیم جناتی در سال ۱۳۵۸ش به ایران بازگشت و در شهر قم مقیم شد و به تدریس دروس خارج فقه و اصول و فقه تطبیقی و اصول آن پرداخت. در کنار آن به تدریس علوم قرآن و علوم حدیث از دیدگاه مذاهب اسلامی اهتمام داشت. بحث‌های تطبیقی او از دیدگاه بیست و دو مذهب فقهی (امامیه، حنفیه، مالکیه، شافعیه، حنبلیه، بصریه، زیدیه، اباضیه، ظاهریه، اوزاعیه، ثوریه، لیثیه، راهویه، نخعیه، تمیمیه، طبریه، جریحیه، کلبیه، شبرمیه، ابن‌ابی‌لیلی، زهریه و عینیه) صورت گرفته است. او همچنین دوره فقه تطبیقی را در ستاد منطقه دو سازمان تبلیغات اسلامی تدریس کرده است. مدتی هم به تدریس فقه تطبیقی در مرکز فرهنگی عراقی‌ها پرداخت و همچنین درس اصول، علوم حدیث و علوم قرآنی را به‌صورت تطبیقی در معهد الدراسات الاسلامیه به زبان عربی برای عراقی‌ها تدریس کرده است.

 او از نخستین عالمانی است که علوم اسلامی را در حوزه علمیه قم به‌صورت تطبیقی، از دیدگاه جریان‌ها و مذاهب مختلف اسلامی تدریس کرده است. این درس‌ها در مجموعه‌هایی گردآوری شده است و بخشی از آنها مانند فقه مقارن، منابع اجتهاد، ادوار اجتهاد، ادوار فقه و مناسک حج از دیدگاه مذاهب اسلامی منتشر شده است.

جناتی تاکنون در بسیاری از همایش‌ها و کنگره‌ها در ایران و خارج از کشور شرکت کرده و به سخنرانی پرداخته است. شرکت در همایش «جایگاه عقل در متون مقدس» در دانشگاه بیرمنگام، شرکت در سمپوزیوم «شناخت شیعه در گذشته و امروز» دانشگاه استانبول، حضور در همایش «فقه تطبیقی و شیوه‌های اجتهادی» دانشگاه دمشق، شرکت در کنگره مذاهب اسلامی و کنگره حج مکه و مدینه و شرکت در همایش «بحث‌های اسلامی» قماطیه و ایراد سخنرانی و ارائه مقاله علمی در آن همایش‌ها از آن جمله است.

جناتی تاکنون مسائل مستحدثه (مسائل جدید) بسیاری را مورد پژوهش مستمر قرار داده و آنها را با توجه به شرایط زمان، مکان، عرف و نیاز جامعه و بر اساس مبانی فقه اجتهادی و عناصر اصلی استنباط در محافل علمی مطرح کرده است. آرا و نظرات نوینی چون نقش زمان و مکان در اجتهاد، جواز تصدی منصب قضاوت توسط زنان، جواز تصدی مقام مرجعیت و همه وظایف سیاسی اجتماعی توسط زنان، طهارت ذاتی مطلق انسان، حلیت ذبایح اهل کتاب، جواز میقات از ادنی‌الحل، جواز مجسمه‌سازی به‌عنوان فن و هنر، معین نبودن سن خاص در بلوغ دختران و نیز نظرات جدید ایشان درباره مسائلی چون موسیقی، هنر، حجاب و... ازجمله آن موارد است. یکی از ابتکارهای جناتی در رساله توضیح المسائل خویش این است که همه احتیاطات رایج در رساله‌ها را که بیش از صد مورد است، با شیوه اجتهادی و بر اساس عناصر اصلی استنباط، تبدیل به فتوای صریح کرده و در مورد هر مسئله نظر قطعی و مشخصی ارائه کرده است. همچنین مناسک حج او نیز با بیش از ۱۴۰۰ مسئله، از بزرگ‌ترین و کامل‌ترین کتاب‌های چاپ‌شده درباره مناسک حج تاکنون است.

تألیفات محمدابراهیم جناتی عبارت است از:

کتاب الحج (۵ جلد)

 دروس فی الفقه المقارن (۸ جلد)

 توضیح الاصول (۲ جلد)

 النفحات العلمیه فی اصول الفقه الامامیة (۴ جلد)

 رساله توضیح المسائل

 مناسک حج

 منابع اجتهاد از دیدگاه مذاهب اسلامی

 ادوار اجتهاد از دیدگاه مذاهب اسلامی

 مناسک حج از دیدگاه مذاهب اسلامی

علوم قرآن از دیدگاه مذاهب اسلامی 

علوم حدیث از دیدگاه مذاهب اسلامی

ادوار فقه و کیفیت بیان آن

موسیقی غنایی از دیدگاه فقه اجتهادی

هنر و زیبایی از دیدگاه فقه اجتهادی

حجاب از دیدگاه فقه اجتهادیی

کفارات الاحرام

الاسلام اقتصادیاً و اجتماعیاً

المساجد و احکامها فی التشریع الاسلامی

طهارة الکتابی

حاشیه عروة الوثقی، احکام شهید

تحول اجتهاد با تحول زمان و شرایط آن

طهارت ذاتی همه انسان‌ها

بحوث الاسلامیة

درر و اجزاء فی مبحث الاجزاء

قاعده تجاوز

قاعده فراغ

قاعده صحت

قاعده الزام

وقف از دیدگاه مبانی اسلامی

زمینه‌های وحدت بین مذاهب اسلامی

اجتهاد و دلایل اختلاف بین مذاهب اسلامی

سیر تاریخی فقه تطبیقی

ارتداد از دیدگاه مذاهب اسلامی

 بحث‌هایی در شناخت قرآن

 مجتهد مطلوب در حکومت اسلامی، نقد متدهای درسی حوزه، عوامل محرومیت زنان از وظایف اجتماعی، بحثی پیرامون آزادی و حقوق بشر، اجتهاد و علم، حکم ذبایح اهل کتاب، نقش حکومت اسلامی در شکوفایی و گسترش فقاهت، بررسی مسئله رمی و قربانی در منی و تقصیر با شیوه نوین اجتهادی، بررسی مسئله بلوغ بر اساس ادله فقهی، بررسی مسئله تصدی مقام مرجعیت تقلید برای زن بر اساس ادله، روش‌های کلی استنباط در فقه از نظر فقهای اسلامی، قضاوت زن از نگاه عناصر فقهی، حقوق متقابل حکومت و مردم در گفتمان سیاسی اسلام، یگانه بودن اصل دین، گفتگوی ادیان، بررسی مسئله تصدی مقام ریاست جمهوری برای زن بر اساس ادله، فلسفه تکرار عزاداری‌ها، ضرورت تحول اجتهاد، عوامل و راهبردهای پیشرفت دانش و فن‌آوری، شرایط و وظایف مدیران در نظام اسلامی، علل شهرت و ویژگی‌های علامه جعفری، متعه یا ازدواج موقت، ویژگی‌های فقهی و اجتهادی میرزای نایینی، حوزه علمیه و تعمیق تبلیغ دینی، موقعیت زن از نگاه اسلام و فمینیسم، علامه امینی، شاعران از نگاه مبانی اسلامی، جایگاه عقل در منابع استنباطی، عاشورای حسینی، حج، سلسله گفتارها، رنگ‌ها در پوشش اسلامی، دین و آزادی، عدم تحریف قرآن، قرائت‌های مختلف قرآن، تقریب بین مذاهب اسلامی، اجتهاد زن، مقصود از وحدت و هماهنگی میان مسلمانان، شیخ مفید، مقدس اردبیلی، بحث‌هایی در شناخت قرآن، شیخ فضل‌الله نوری، رکود فقه در اثر ترک اجتهاد، زن و مسائل اجتماعی، امربه‌معروف و نهی‌ازمنکر، بررسی مسئله توریسم، طهارت ذاتی کافران کتابی، طهارت ذاتی کافران مشرک، بررسی مسئله ازدواج با اهل کتاب، بررسی مسئله مجسمه‌سازی به‌عنوان فن و هنر، شطرنج و بازی‌های فکری، برد و باخت در مسابقات اسب‌سواری و تیراندازی، بررسی مسئله تحدید نسل، بررسی مسئله تلقیح مصنوعی، بررسی مسئله شروع تقلید از میّت، آراء حول المرجعیة الدینیه، همبستگی ادیان و مذاهب اسلامی، پیشینه فقه تطبیقی و پیشگامان آن، تکامل و رکود فقه اجتهادی اهل‌سنت، جایگاه و مواضع اجتهاد در مبانی فقهی، احکام وضو، ابعاد فقهی و اجتهادی طبری، سیر تاریخی تفسیر و علوم قرآن، عدم تعیّن تقلید از اعلم، فقه اجتهادی و اصلاح حوزه‌ها، ضرورت بازسازی نظام آموزشی حوزه، شرایط مبلغان، عوامل پیشرفت تربیتی، تعامل عرف و شرع، راهبردهای اجتهاد نوین، رویکردهای اسلامی به آزادی و حقوق بشر، مجموعه استفتائات (پرسش و پاسخ).[۱۲]